第2回協議会は4月22日に開催された。第1回協議会で出されたすべての提案について、予め各委員に個別評価を行なってもらい、比較的高い評価を得た項目を中心にして、提案内容を利用対象となる跡地施設の類似性による5つのテーマと、その他の総論的な提案とに分類した。総論的な提案以外のテーマとは、[列車運行]、[駅舎(敷地を含む)の利活用]、[線路敷の利活用]、[駅舎の保存]、[車両の保存]の5つである。協議会では、これら5つのテーマごとにワーキンググループを設け、可能な限りそれぞれのテーマに属する提案内容に高い評価を付した委員を当該グループに配属するようにした。そして、総論的な提案を参考にしつつ、グループ別に与えられたテーマに属する提案内容を具体的かつ実現可能な案とするための検討を行なった。この際、他の地域での廃線跡地の活用事例などの資料を収集して、積極的な情報提供をしてくれた委員もいた。

第2回協議会の時点で、各提案をさらに具体化して考えるためには、グループ毎に別途十分な時間を確保して検討する必要があり、また、現地を一緒に訪れて委員間で認識を共有することも重要であるとの認識が高まり、協議会とは別に、5月中に2回のワーキンググループ会議を実施することになった。5月10日のワーキンググループ会議では、各アイデアが実現した場合の効果や実現するための問題点などを整理し、5月31日のワーキンググループ会議では、多くの委員で一緒に現地視察を行ない、三木鉄道跡地の現況を確認するとともに、隣接する加古川市にある別府鉄道跡地を利用した遊歩道の事例を見学した。